วัดถ้ำซับมืด ก่อตั้งเมื่อ พ.ศ. 2478 สังกัดมหานิกาย โดยนายอินตา สุขแสวง ได้บุกเบิกถางป่าเพื่อทำไร่ได้พบถ้ำ บริเวณโดยรอบเป็นป่าดงดิบมีสัตว์ป่านานาชนิด มืดครึ้มตลอดทั้งวัน มีน้ำซับ จากแอ่งหิน ชาวบ้านที่มาทำไร่ได้อาศัยใช้สอยดื่มกิน ด้วยเหตุนี้ ชาวบ้านจึงเรียกสถานที่แห่งนี้ว่า “ถ้ำซับมืด“ หลังจากนั้น ประมาณ ปี พ.ศ. 2480 หลวงปู่สีลา อิสฺสโร ซึ่งเป็นศิษย์อาวุโสรูปหนึ่งของท่านพระอาจารย์มั่น ภูริทตฺโต วัดป่าโพธิ์ อ.รัตนบุรี จ.สุรินทร์ ได้เดินทางท่องเที่ยวธุดงค์กรรมฐานไปทาง อ.ปากช่อง จ.นครราชสีมา แล้วได้พบป่าเขา และถ้ำ เหมาะเป็นสถานที่สำหรับการบำเพ็ญภาวนา และเจริญสมณธรรมสำหรับอริยมุนีผู้มุ่งตรงสู่แดนแห่งความหลุดพ้น จึงอยู่พักปักกลดโดยพระภิกษุทั้งหมดได้เข้าพักบำเพ็ญภาวนาอยู่ที่ถ้ำสวยงามที่ชื่อว่า “ถ้ำมืด” ไม่เพียงแต่ถ้ำเท่านั้นที่มืด ป่าเขาก็มืดทึบไปหมด ที่ชื่อว่า “ถ้ำมืด” เพราะว่าแสงแดดส่องเข้าไปไม่ถึง อากาศหายใจไม่ค่อยจะพอ ภายในถ้ำมีความเย็นยะเยือก มีเถาวัลย์เครือไม้ระโยงระยาง ซึ่งต่อมาได้เรียกถ้ำนี้ว่า “ถ้ำซับมืด” ต่อมานายอินตา สุขแสวง และชาวบ้านเกิดศรัทธาได้นิมนต์ท่านอยู่จำพรรษา ถวายที่ดินให้เป็นที่พักสงฆ์ ช่วยกันปรับปรุงถ้ำให้เป็นที่อยู่จำพรรษา สร้างศาลา 1 หลัง ไว้เป็นที่บำเพ็ญกุศล และมีพระอยู่จำพรรษาไม่เคยขาด จนกระทั้งปี พ.ศ. 2498 พระครูญาณโศภิต (มี ญาณมุนี) วัดป่าสูงเนิน อ.สูงเนิน จ.นครราชสีมา พระอาจารย์ใหญ่ของหลวงพ่อสีลา อิสฺสริโก หลวงพ่อทา จารุธมฺโม หลวงพ่อสุพิน ปภสฺสโร หลวงพ่อสุพีร์ สุสญฺญโม ได้มาอยู่จำพรรษาอบรมชาวบ้าน และพัฒนาวัดเรื่อยมา